Une mission complète visant à libérer The Truth de la Zone 51 a été coupée de San Andreas, et c'est cette ville oubliée qui devait l'accueillir.
Bayside n'est mentionnée qu'une seule fois dans tout le jeu, à travers les échanges radio de la police, ce qui laisse supposer qu'une mission a été supprimée. Des fichiers résiduels révèlent une mission abandonnée intitulée « The Truth is Out There », dans laquelle les joueurs devaient libérer The Truth des agents du gouvernement qui le traquaient pour avoir « rôdé autour de la Zone 51 », avant même que la zone ne soit renommée Zone 69 dans la version finale.
